当初、自分で考えていたのは以下のプラン・・・・

全ての建築費を自分で出すこととし、名義は自分のものに。１棟１戸として扱う。1000万円を自己資金として拠出、1000万円を住宅資金贈与の特例を利用し親から拠出してもらい、残りを借り入れで賄う。

ところが、現在の固定資産税は・・・・

親の土地の固定資産税は、２００平米を超える部分は課税標準が倍になっていました。
※住宅１戸あたり２００平米以下の部分（小規模宅地）については、固定資産課税台帳価格の６分の１が課税標準で、住宅１戸当たり２００平米を超える場合は、２００平米までの部分は台帳価格の６分の１、２００平米を超える部分（一般住宅地）については台帳価格の３分の１が課税標準。
２世帯住宅の場合、区分登記をすれば２戸とみなされます。２戸であれば、固定資産税は２００平米を超える部分についても課税標準が台帳価格の6分の1で済みます。
このため、区分登記して２戸扱いにすることになりました。

区分登記で親と自分で別々に登記することに・・・・

結局、区分登記ということになり、名義も別々に登記することになりました。
このため、資金面でも完全に占有面積分で按分してそれぞれが支払うことになりました。こうすることで、贈与税の心配も無くなりました。
自分は自己資金だけでは足りなかったので、足らない分だけ勤務先の会社から住宅融資を受けました。